A világbajnoki pontverseny harmadik helyezettjének sikerült egyedüliként 1:22,00 alá kerülnie, így mondhatni gond nélkül söpörte be a diadalt.
A képzeletbeli dobogó második fokára Valentino Rossi állhatott, ám több mint héttizeddel maradt el legjobb körideje az ausztrálénál.
Mögöttük az összetettben tizedik helyen álló Nakanó Sinya zárta a szabadedzést, 1:22,953-mal.
Külön érdekesség, hogy a pontverseny jelenlegi ezüstérmese, Dani Pedrosa csak az utolsó hely megszerzésére volt képes Laguna Secában, több mint három másodperccel lemaradva Stonertől.
| 1. Casey Stoner | Ausztrália | Ducati | 1:21.915 |
| 2. Valentino Rossi | Olaszország | Yamaha | 1:22.679 |
| 3. Nakanó Sinya | Japán | Honda | 1:22.953 |
| 4. Chris Vermeulen | Ausztrália | Suzuki | 1:23.406 |
| 5. Marco Melandri | Olaszország | Ducati | 1:23.455 |
| 6. Nicky Hayden | Egyesült Államok | Honda | 1:23.469 |
| 7. Andrea Dovizioso | Olaszország | Honda | 1:23.696 |
| 8. Toni Elias | Spanyolország | Ducati | 1:23.698 |
| 9. Colin Edwards | Egyesült Államok | Yamaha | 1:23.760 |
| 10. Alex de Angelis | San Marino | Honda | 1:23.896 |
