Juan 1989-ben a Flamengóban kezdte gyerekkori pályafutását, majd 1996 és 2002 között szolgálta a felnőttcsapatot. Most ismét a közkedvelt csapat tagja lehet, együtt futballozhat Ronaldinhóval.
A Flamengo egyik legfontosabb vezetője, Rafael de Piro napokon belül Rómába utazik, hogy egyeztessen a 79-szeres válogatott sztárral és annak jelenlegi munkaadójával. Juan szerződése 2013-ban járna le a Farkasoknál.