Pizarro 2001 és 2007 között szerepelt első ízben a müncheni alakulatnál, majd a Chelsea-ben és a Werder Bremenben is megfordult, 2012 óta pedig ismét a Bayern alkalmazásában áll.
A perui futballista eddig 211 Bundesliga-találkozón lépett pályára a bajor gárda színeiben, s ezeken a meccseken 87-szer talált az ellenfelek kapujába. Pizarro öt-öt bajnoki címnek és Német Kupa-sikernek, valamint egy-egy Bajnokok Ligája-, és Európai Szuperkupa-diadalnak volt részese Münchenben.