A 2006-ban Domenech-kel vb-második francia válogatott Dél-Afrikában a csoportkör után búcsúzott a tornától, de nem csupán nagyon szerény teljesítményével irányította magára a figyelmet, hanem a csapaton belüli botránnyal is. Nevezetesen azzal, hogy a játékosok bojkottálták az egyik edzést arra reagálva, hogy a szakvezető hazaküldte a vele tiszteletlenül beszélő Nicolas Anelkát. Az eseménysorozat politikai üggyé nőtte ki magát Franciaországban, a szövetség vezetésében több változás történt, néhány játékos pedig különböző mértékű büntetést kapott. A "zendülés" főkolomposai közül a válogatottságot rögtön lemondó Anelkát 18 mérkőzésre tiltották el, míg Patrice Evra csapatkapitányt öt, Franck Ribéryt három, Jeremy Toulalant pedig egy találkozóra száműzték. Domenech-et Laurent Blanc váltotta a kispadon.
"Nem tudom, miért beszél most ilyeneket. Ez szégyen - reagált volt szakvezetője "visszaemlékezésére" Ribéry. - A világbajnokság lezajlott, én pedig már nem igazán szeretnék Domenech-kel foglalkozni. Dél-Afrikában nem állt oda elénk, pedig ott kellett volna szemtől szemben elmondania véleményét" - fogalmazott a Bayern München játékosa.
Domenech-et szeptember elején a francia sportági szövetségnél betöltött utolsó posztjáról is menesztették: az 59 éves tréner a szervezet technikai tanácsadó testületénél állt addig alkalmazásban 1993 óta.